| BIOLOGIA DEI SISTEMI E CHIMICA FISICA
(obiettivi)
OBIETTIVI FORMATIVI: Introdurre i principi chimico-fisici termodinamici e cinetici che regolano le interazioni intermolecolari, le proprietà strutturali di biopolimeri, il folding di peptidi e proteine, i processi di associazione, con particolare attenzione ai fenomeni cooperativi. CONOSCENZA E CAPACITÀ DI COMPRENSIONE: Conoscere le leggi fondamentali che regolano l'equilibrio e la reattività di sistemi biologici. a partire dalle proprietà strutturali e dinamiche delle biomolecole. Conoscenza dei principali modelli che descrivono i processi biologici di folding e di associazione. Comprensione dei fattori termodinamici e cinetici che governano i processi biologici.
CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE: Capacità di collegare le leggi della termodinamica e della cinetica all'andamento dei cicli biochimici e al comportamento delle biomolecole. Capacità di distinguere le interazioni intemolecolari predominanti nella evoluzione dei processi biologici. Capacità di applicare modelli esplicativi dei principali processi biologici, distinguendo tra processi cooperativi e non.
AUTONOMIA DI GIUDIZIO: Lo studente dovrà essere in grado di analizzare i differenti processi biologici, individuando per ognuno di essi le interazioni predominanti, i fattori strutturali, energetici e dinamici che ne determinano l'evoluzione, i modelli più appropriati per la loro descrizione e il trattamento dei dati sperimentali.
ABILITÀ COMUNICATIVE: Lo studente durate l'esame dovrà dimostrare padronanza dell'argomento, capacità di discutere con proprietà i fenomeni biologici investigati, capacità di illustrare anche con dimostrazioni formali i modelli proposti.
CAPACITÀ DI APPRENDIMENTO:
Lo studente dovrà dimostrare attraverso un esame orale la piena comprensione degli argomenti trattati, l'apprendimento dei contenuti proposti, l'acquisizione di un linguaggio scientificamente corretto. Dovrà inoltre dimostrare di essere in grado di formalizzare i modelli adottati per la descrizione dei processi biologici studiati.
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Codice
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8066878 |
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Lingua
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ITA |
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Tipo di attestato
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Attestato di profitto |
| Modulo: CHIMICA FISICA
(obiettivi)
OBIETTIVI FORMATIVI: Introdurre i principi chimico-fisici termodinamici e cinetici che regolano le interazioni intermolecolari, le proprietà strutturali di biopolimeri, il folding di peptidi e proteine, i processi di associazione, con particolare attenzione ai fenomeni cooperativi. CONOSCENZA E CAPACITÀ DI COMPRENSIONE: Conoscere le leggi fondamentali che regolano l'equilibrio e la reattività di sistemi biologici. a partire dalle proprietà strutturali e dinamiche delle biomolecole. Conoscenza dei principali modelli che descrivono i processi biologici di folding e di associazione. Comprensione dei fattori termodinamici e cinetici che governano i processi biologici.
CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE: Capacità di collegare le leggi della termodinamica e della cinetica all'andamento dei cicli biochimici e al comportamento delle biomolecole. Capacità di distinguere le interazioni intemolecolari predominanti nella evoluzione dei processi biologici. Capacità di applicare modelli esplicativi dei principali processi biologici, distinguendo tra processi cooperativi e non.
AUTONOMIA DI GIUDIZIO: Lo studente dovrà essere in grado di analizzare i differenti processi biologici, individuando per ognuno di essi le interazioni predominanti, i fattori strutturali, energetici e dinamici che ne determinano l'evoluzione, i modelli più appropriati per la loro descrizione e il trattamento dei dati sperimentali.
ABILITÀ COMUNICATIVE: Lo studente durate l'esame dovrà dimostrare padronanza dell'argomento, capacità di discutere con proprietà i fenomeni biologici investigati, capacità di illustrare anche con dimostrazioni formali i modelli proposti.
CAPACITÀ DI APPRENDIMENTO:
Lo studente dovrà dimostrare attraverso un esame orale la piena comprensione degli argomenti trattati, l'apprendimento dei contenuti proposti, l'acquisizione di un linguaggio scientificamente corretto. Dovrà inoltre dimostrare di essere in grado di formalizzare i modelli adottati per la descrizione dei processi biologici studiati.
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Codice
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M-4840 |
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Lingua
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ITA |
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Tipo di attestato
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Attestato di profitto |
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Crediti
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3
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Settore scientifico disciplinare
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CHIM/02
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Ore Aula
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24
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Ore Studio
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-
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Attività formativa
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Attività formative affini ed integrative
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Canale Unico
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Docente
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VENANZI MARIANO
(programma)
Interazioni intermolecolari e curve di energia potenziale. Interazioni repulsive: modello a sfere rigide. Interazioni attrattive: interazioni elettrostatiche (ioni, dipoli, dipoli indotti). Interazioni di van der Waals. Struttura di biopolimeri: conformazioni. Distribuzione di Boltzmann, Approssimazione degli isomeri rotazionali. Grafici di Ramachandran. Strutture secondarie di proteine. Transizioni elica-coil: Modello di Zimm-Bragg. Effetto idrofobico. Denaturazione di proteine. Termodinamica dei processi di denaturazione. Modelli di folding: il molten globule. Processi di associazione. Associazione non cooperativa: Modello di Langmuir. Fenomeni cooperativi. Modello di Hill e modello Monod-Wyman-Changeux.. Fattore allosterico. Cinetiche di saturazione: modello di Michaelis-Menten.
 Mariano Venanzi Appunti di lezione (Disponibili a Focal Point)
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Date di inizio e termine delle attività didattiche
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- |
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Modalità di erogazione
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Tradizionale
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Modalità di frequenza
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Non obbligatoria
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Metodi di valutazione
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Prova orale
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| Modulo: BIOLOGIA DEI SISTEMI
(obiettivi)
OBIETTIVI FORMATIVI: Offrire agli studenti gli strumenti per un analisi olistica dei processi di segnalazione in un sistema biologico complesso
CONOSCENZA E CAPACITÀ DI COMPRENSIONE: Capacità di utilizzare sturmenti informatici per l'analisi di dati "high throughput"
CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE: Attraverso le esercitazioni gli studenti avranno modo di mettere in pratica le nozioni presentate a lezione
AUTONOMIA DI GIUDIZIO: Agli studenti verranno proposti obbiettvi che dovranno affrontare in autonomia
ABILITÀ COMUNICATIVE: Gli studenti verranno stimolati ad interagire durante le lezioni ed a discutere gli argomenti proposti
CAPACITÀ DI APPRENDIMENTO:
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Codice
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M-4839 |
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Lingua
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ITA |
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Tipo di attestato
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Attestato di profitto |
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Crediti
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3
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Settore scientifico disciplinare
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MED/03
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Ore Aula
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24
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Ore Studio
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-
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Attività formativa
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Attività formative affini ed integrative
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Canale Unico
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Docente
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SACCO FRANCESCA
(programma)
Biologia dei sistemi e proprietà emergenti. Esperimenti con una prospettiva genomica: interazioni tra proteine, silenziamento genico, letalità sintetica, localizzazione proteica, concentrazione proteica. Annotazione di dati di interazione proteina proteina. Rappresentazione mediante grafi di informazione sull'associazione genica: Cytoscape. Modellizazione di fenomeni biologici: mediante sistemi sistemi di equazioni differenziali CellDesigner, modelli Booleani.
 •mentha (mentha.uniroma2.it), Signor (signor.uniroma2.it) •Cytoscape (cytoscape.org) •DAVID (https://david.ncifcrf.gov/) •CellDesigner (celldesigner.org)
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Date di inizio e termine delle attività didattiche
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- |
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Modalità di erogazione
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Tradizionale
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Modalità di frequenza
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Non obbligatoria
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Metodi di valutazione
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Prova orale
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