| GENOMICA E BIOINFORMATICA DEI MICRORGANISMI
(obiettivi)
OBIETTIVI FORMATIVI:
Conoscere ed approfondire gli approcci sperimentali e gli strumenti bioinformatici utili per l’ ottenimento e l'analisi dei dati genetici dei procarioti e dei loro virus. Nello specifico, l’ obiettivo del corso è quello di fornire una panoramica degli approcci di Next Generation Sequencing (NGS) utilizzati per l’analisi dei microrganismi e di presentare una serie di strumenti di bioinformatica utili per l’ analisi di questo tipo di dati.
CONOSCENZA E CAPACITÀ DI COMPRENSIONE:
Al termine del corso gli studenti devono possedere basi solide nell'ambito della genetica e della bioinformatica dei microrganismi e anche familiarità con i metodi analitici in modo da poter analizzare in maniera approfondita dati genetici di microrganismi e loro virus.
A tal fine è necessario che lo studente sia padrone dei seguenti campi:
- genetica dei procarioti e dei loro virus e delle principali differenze con la genetica eucariotica;
- nozioni fondamentali degli algoritmi comunemente usati per analisi di dati NGS;
- conoscenza dei principali software utili per analisi genetiche di dati NGS relativi a microrganismi e loro virus;
Gli strumenti didattici principali utilizzati per l'insegnamento del corso sono lezioni frontali ed esercitazioni pratiche in aula.
La verifica del raggiungimento dell'obiettivo formativo è ottenuta mediante esame scritto effettuato al termine del corso ed eventualmente prove in itinere intese a rilevare la preparazione degli studenti e l'efficacia dei processi di insegnamento.
CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE:
Al termine del corso lo studente deve saper applicare le conoscenze acquisite per:
- saper scegliere la strategia o le strategie sperimentali più idonee per lo studio di un particolare microrganismo o di un batteriofago
- valutare la qualità dei dati grezzi ottenuti da un sequenziamento effettuato con tecnologie di tipo NGS
- saper scegliere ed utilizzare gli approcci analitici più idonei per l'analisi di dati NGS
- conoscere e saper interrogare i database disponibili in rete utili per l'analisi di genomi di microrganismi e di virus procariotici
- conoscere e saper utilizzare i software stand-alone maggiormente utilizzati per la genetica dei microrganismi
AUTONOMIA DI GIUDIZIO:
Lo studente saprà:
- interrogare e gestire l'output ottenuto da database di pubblico dominio accessibili tramite la rete internet
- analizzare approfonditamente singoli genomi batterici ed essere in grado di rilevare differenze biologiche salienti con altri membri appartenenti alla stessa specie od a specie simili
-saper gestire ed analizzare tramite metodiche semi-automatiche gruppi di genomi batterici o di batteriofagi
ABILITÀ COMUNICATIVE:
Al termine del corso in Genetica e Bioinformatica dei Microrganismi lo studente avrà maturato una buona capacità di lavorare di gruppo, maturata soprattutto grazie alle attività pratiche di laboratorio e, al contempo, saprà anche lavorare autonomamente.
Nello specifico:
- sarà in grado di formulare idee e soluzioni pratiche nell'ambito della
bioinformatica dei microrganismi
- sarà in grado di comunicare con diverse figure professionali quali biologi ed informatici
- sarà capace di inserirsi in gruppi di lavoro e di operare all'interno di essi con definiti gradi di autonomia.
Le abilità comunicative saranno sviluppate attraverso l'incoraggiamento alla discussione e interazione durante le attività pratiche di laboratorio.
CAPACITÀ DI APPRENDIMENTO:
Lo studente che abbia terminato con profitto il corso sarà in grado di:
- sapersi integrare con facilità e profitto in gruppi di lavoro costituiti da bioinformatici, genetisti o biologi e raggiungere un buon livello di produttività in tempi rapidi;
- approfondire le tematiche trattate durante il corso a livello di master di primo livello, centrati su tematiche bioinformatiche, informatiche e biologiche con un alto grado d'autonomia.
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