Università degli Studi di Roma "Tor Vergata"

Interazioni intermolecolari e curve di energia potenziale. Interazioni repulsive: modello a sfere rigide. Interazioni attrattive: interazioni elettrostatiche (ioni, dipoli, dipoli indotti). Interazioni di van der Waals. Struttura di biopolimeri: conformazioni. Distribuzione di Boltzmann, Approssimazione degli isomeri rotazionali. Grafici di Ramachandran. Strutture secondarie di proteine. Transizioni elica-coil: Modello di Zimm-Bragg. Effetto idrofobico. Denaturazione di proteine. Termodinamica dei processi di denaturazione. Modelli di folding: il molten globule. Processi di associazione. Associazione non cooperativa: Modello di Langmuir. Fenomeni cooperativi. Modello di Hill e modello Monod-Wyman-Changeux.. Fattore allosterico. Cinetiche di saturazione: modello di Michaelis-Menten.

Mariano Venanzi Appunti di lezione (Disponibili a Focal Point)

Biologia dei sistemi e proprietà emergenti. Esperimenti con una prospettiva genomica: interazioni tra proteine, silenziamento genico, letalità sintetica, localizzazione proteica, concentrazione proteica. Annotazione di dati di interazione proteina proteina. Rappresentazione mediante grafi di informazione sull'associazione genica: Cytoscape. Modellizazione di fenomeni biologici: mediante sistemi sistemi di equazioni differenziali CellDesigner, modelli Booleani.

•mentha (mentha.uniroma2.it), Signor (signor.uniroma2.it) •Cytoscape (cytoscape.org) •DAVID (https://david.ncifcrf.gov/) •CellDesigner (celldesigner.org)