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Mutua da
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8067480 TEORIA E TECNICHE COMPUTAZIONALI PER LA FISICA BIOLOGICA in Fisica LM-17 MINICOZZI VELIA
(programma)
1) La nozione di ensemble: ensemble micro-canonico canonico e gran-canonico. Teorema di Liouville. Equivalenza tra ensembles. Il teorema di equipartizione dell'energia. Potenziali termodinamici.
2) Introduzione al modelling di biomolecole. Force-fields empirici. Sviluppo in multipoli. Polarizzazione. Forze di van der Waals. Modelli di acqua. Somme di Ewald. Reaction Field.
3) Algoritmi di minimizzazione
4) Dinamica molecolare classica. Equazioni di Hamilton e loro discretizzazione. Algoritmi di integrazione (Leap Frog, Velocity Verlet e Multiple Time Step).
5) Vincoli. Termostati e barostati (isogaussiano, Berendsen, Andersen, Lagrangiana estesa)
6) Grandezze misurabili nelle simulazioni. Funzioni di correlazione. Coefficiente di diffusione. Leggi di Fick, Green-Kubo.
7) Equazione di Langevin.
8) Metodo Monte Carlo e bilancio dettagliato. MC in NVT e NPT.
9) Ensemble generalizzati: MUCA, REMC e REMD.
10) Calcolo dell’energia libera. Teorema di Jarzynski e Umbrella sampling.
11) Dinamica molecolare ab-initio (Ehrenfest, Born-Oppenheimer e Car Parrinello)
12) Docking molecolare
 K. Huang, Statistical mechanics. John Wiley & Sons. 1987.
D. Frenkel & B. Smit, Understanding Molecular Simulations. Academic Press. 2002.
M.P. Allen & D. J. Tildesley, Computer Simulations of Liquids, Oxford University Press. 2017.
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