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GENOMICA ED ELEMENTI DI GENETICA STATISTICA
(obiettivi)
OBIETTIVI FORMATIVI: CONOSCENZA E CAPACITÀ DI COMPRENSIONE: acquisire capacità di comprensione e abilità nel risolvere problemi e tematiche nuove o non familiari, inserite in contesti più ampi (o interdisciplinari) connessi al proprio settore di studio CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE: rafforzamento delle capacita' acquisite durante il corso triennale AUTONOMIA DI GIUDIZIO: acquisire capacità di integrare le conoscenze e gestire la complessità, nonché di formulare giudizi sulla base di informazioni limitate o incomplete, includendo la riflessione sulle responsabilità sociali e etiche collegate all’applicazione delle loro conoscenze e dei loro giudizi ABILITÀ COMUNICATIVE: acquisire la capacita' di comunicare in modo chiaro e privo di ambiguità le proprie conclusioni, nonché le conoscenze a esso sottese, a interlocutori specialisti e non specialisti CAPACITÀ DI APPRENDIMENTO: sviluppare capacità di apprendimento che consentano di continuare a studiare per lo più in modo auto-diretto e autonomo
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LUCA FRANCESCA
( programma)
Fondamenti – Struttura degli acidi nucleici ed espressione genica. Cellule e comunicazione cellula-cellula. I geni nelle famiglie e nelle popolazioni. Amplificazione e ibridazione degli acidi nucleici, clonaggio, metodi di analisi. Argomenti specifici del corso Sequenziamento del DNA. Dai metodi classici a quelli di nuova generazione. La filosofia shotgun. Come interpretare una sequenza genomica e la funzione genica Genomica comparata e genoma umano. Diversita’ del genoma. Evoluzione e cambiamenti genomici Genomica funzionale. Microarray, ChIP, DNAse hypersensitive sites, trascrittomi Genoma e sviluppo, replicazione e telomeri Le distribuzioni normale e di Poisson, tabelle di contingenza. Identificazione delle regioni cromosomiche contenenti geni per caratteri quantitativi e complessi
 Brown, Genomi 4. EDISES da integrare con: Strachan & Read, Genetica Molecolare Umana, Zanichelli Strachan, Goodship, Chinnery, Genetica & Genomica, Zanichelli. Genetics Handbook https://ghr.nlm.nih.gov/primer pp. 71-74 Triola, Triola. Fondamenti di statistica, capp. 2,7 (Pearson ed.) Withlock, Schluter. Analisi statistica dei dati biologici, cap. 9.1-9.3 (Zanichelli)
Letture obbligatorie (disponibili su MS Teams): 1) Kellis, M et al. (2014) Defining functional DNA elements in the human genome. Proc Natl Acad Sci USA 111: 6131-6138 2) Altshuler D, Daly MJ, Lander ES (2008) Genetic mapping in human disease. Science 322: 881-888
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IODICE CARLA
( programma)
Fondamenti – Struttura degli acidi nucleici ed espressione genica. Cellule e comunicazione cellula-cellula. I geni nelle famiglie e nelle popolazioni. Amplificazione e ibridazione degli acidi nucleici, clonaggio, metodi di analisi. Argomenti specifici del corso Sequenziamento del DNA. Dai metodi classici a quelli di nuova generazione. La filosofia shotgun. Come interpretare una sequenza genomica e la funzione genica Genomica comparata e genoma umano. Diversita’ del genoma. Evoluzione e cambiamenti genomici Genomica funzionale. Microarray, ChIP, DNAse hypersensitive sites, trascrittomi Genoma e sviluppo, replicazione e telomeri Le distribuzioni normale e di Poisson, tabelle di contingenza. Identificazione delle regioni cromosomiche contenenti geni per caratteri quantitativi e complessi
 Brown, Genomi 4. EDISES da integrare con: Strachan & Read, Genetica Molecolare Umana, Zanichelli Strachan, Goodship, Chinnery, Genetica & Genomica, Zanichelli.
Genetics Handbook https://ghr.nlm.nih.gov/primer pp. 71-74 Triola, Triola. Fondamenti di statistica, capp. 2,7 (Pearson ed.) Withlock, Schluter. Analisi statistica dei dati biologici, cap. 9.1-9.3 (Zanichelli) Letture obbligatorie (disponibili su DidatticaWeb2.0): 1) Kellis, M et al. (2014) Defining functional DNA elements in the human genome. Proc Natl Acad Sci USA 111: 6131-6138 2) Altshuler D, Daly MJ, Lander ES (2008) Genetic mapping in human disease. Science 322: 881-888
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BIO/18
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Attività formative caratterizzanti
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ITA |
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8066353 -
ESPRESSIONE GENICA
(obiettivi)
OBIETTIVI FORMATIVI: Il corso ha come obiettivo l'approfondimento della conoscenza dei meccanismi della regolazione dell'espressione genica negli organismi eucariotici. Inoltre, attraverso la discussione durante la presentazione degli articoli in classe, si mira a sviluppare capacità critica nell'analisi delle pubblicazioni originali.
CONOSCENZA E CAPACITÀ DI COMPRENSIONE: Sviluppo di capacità di apprendimento che consentano loro di continuare a studiare argomenti di nell'ambito dell'espressione genica per lo più in modo auto-diretto e autonomo
CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE: Capacità di comunicare in modo chiaro e privo di ambiguità risultati sperimentali di studi di biologia molecolare avanzata. Capacità di comunicare le conoscenze acquisite a interlocutori specialisti e non specialisti
AUTONOMIA DI GIUDIZIO: Capacità di integrare le conoscenze acquisite e gestire la complessità, nonché di formulare giudizi sulla base di informazioni limitate o incomplete, includendo la riflessione sulle responsabilità sociali e etiche collegate all’applicazione delle loro conoscenze e dei loro giudizi
ABILITÀ COMUNICATIVE: Capacità di applicare le loro conoscenze, capacità di comprensione e abilità nel risolvere problemi e tematiche relative allo studio avanzato della Biologia Molecolare. Capacità d'inserire le informazioni acquisite in contesti più ampi (o interdisciplinari) connessi al settore della regolazione dell'espressione genica
CAPACITÀ DI APPRENDIMENTO: Dimostrazione di conoscenza e capacità di comprensione che estendono e/o rafforzano quelle tipicamente associate al primo ciclo e consentono di elaborare e/o applicare idee originali, specialmente in un contesto di ricerca nell'ambito della Biologia Molecolare
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GALARDI SILVIA
( programma)
Controllo dell'espressione genica nei procarioti e negli eucarioti. Tecniche di misurazione dell'espressione genica, da microarray a RNAseq. Principi di funzionamento di un sequenziatore. Protocolli di preparazione di librerie di acidi nucleici. Tecnologie per lo studio della cromatina. Tecnologie per lo studio dello stato epigenetico e dell'interazione fra fattori di trascrizione e regioni genomiche. Elementi di base relativi all'applicazione di metodologie Bioinformatiche per l'analisi di dati high-throughput
 Letteratura scientifica primaria
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BIO/11
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Attività formative caratterizzanti
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ITA |
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8066354 -
GENETICA MOLECOLARE DELLA TRASFORMAZIONE NEOPLASTICA
(obiettivi)
OBIETTIVI FORMATIVI: Il corso prepara gli studenti a comprendere le basi molecolari della tumorigenesi
CONOSCENZA E CAPACITÀ DI COMPRENSIONE: La conoscenza e comprensione delle più importanti problematiche della analisi genetica sono affrontate attraverso il corso. Conoscenza e capacità vengono verificate durante gli esami scritti e orali
CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE:Gli studenti debbono conoscere le problematiche principali , saper apprendere attingendo testi in lingiua inglese e dati presenti su banche dati on line. Debbono, inoltre, sapere utilizzare questi dati per l’interpretazione di modelli o osservazioni nuove. Verifica durante la prova scritta e orale
AUTONOMIA DI GIUDIZIO:Gli studenti debbono acquistare capacità di ragionamento critico e valutazione dei dati sperimentali. Verifica durante la prova scritta e orale
ABILITÀ COMUNICATIVE: Gli studenti debbono essere in grado di comunicare in modo chiaro e privo di ambiguità le proprie conoscenze sia in forma scritta, sia orale, in italiano e anche in inglese.. La verifica durante la prova scritta e orale
CAPACITÀ DI APPRENDIMENTO: Gli studenti debbono poter apprendere sempre più indipendentemente e prendere possesso di competenze per la gestione dell’informazione.. La verifica è in itinere e durante la prova orale.
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BARILA' DANIELA
( programma)
Definizione di trasformazione neoplastica; Mutazioni e genetica delle cellule tumorali; Virus oncogeni; Oncogeni cellulari; Fattori di crescita, recettori e cancro; Trasduzione del segnale e cancro; Geni oncosoppressori, p53, pRB; Controllo del ciclo cellulare, apoptosi e senescenza; Mantenimento dell'integrità genomica e sviluppo dei tumori; Meccanismi genetici di insorgenza ed eredità dei tumori; Cellule staminali tumorali; Meccanismi molecolari della metastasi; Microambiente tumorale; Basi molecolari per il trattamento dei tumori; Modelli sperimentali per lo studio del cancro
 PDF o powerpoint delle lezioni e una raccolta di articoli saranno forniti agli studenti tramite Teams/Didattica Web. Per partecipare al corso è richiesta una conoscenza di base in Genetica e Biologia Molecolare: gli studenti valuteranno la loro preparazione insieme all'insegnante e in caso di necessità potranno fare riferimento a libri di testo classici di Biologia Molecolare e Genetica utilizzati durante i loro studi precedenti.
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BIO/18
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Attività formative caratterizzanti
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ITA |
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8066365 -
PATOLOGIA GENERALE
(obiettivi)
OBIETTIVI FORMATIVI: Fornire conoscenze scientifiche e tecnologiche nel campo della diagnostica immunologica, dei vaccini e dell'immunoterapia.
CONOSCENZA E CAPACITÀ DI COMPRENSIONE: Acquisizione di capacità di comprensione e di abilità nella risoluzione di problemi e tematiche nel settore delle biotecnologie e in contesti più ampi connessi al settore di studio. Le conoscenze acquisite rappresenteranno un substrato indispensabile per lo sviluppo di un approccio razionale alle applicazioni dell'immunologia nelle biotecnologie, soprattutto in campo biomedico
CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE: Rafforzamento delle capacità acquisite durante il corso di laurea triennale. Il corso inoltre consentirà di sviluppare capacità critiche necessarie a valutare in modo autonomo quesiti di interesse biotecnologico e biomedico.
AUTONOMIA DI GIUDIZIO: Acquisizione di capacità di integrazione delle conoscenze e di gestione di informazioni complesse. Acquisizione di capacità di formulazione di giudizi e di riflessione sulle responsabilità sociali e etiche collegate ai specifici settori delle biotecnologie e della biomedicina.
ABILITÀ COMUNICATIVE: Acquisizione di capacità di comunicare in modo chiaro, approfondito e senza ambiguità le conoscenze acquisite, sia in forma scritta che orale, ad interlocutori specialisti e non specialisti.
CAPACITÀ DI APPRENDIMENTO: Sviluppo di capacità di apprendimento autonomo e capacità di effettuare ricerche bibliografiche.
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MED/04
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Attività formative caratterizzanti
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ITA |
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8067798 -
BIOLOGIA DEI SISTEMI E CHIMICA FISICA
(obiettivi)
OBIETTIVI FORMATIVI: Conoscenza di approcci sistemici e riduzionisti Conoscenza di esperimenti high-throughput Conoscenza di strumenti per analizzare dati di esperimenti high-throughput e come rappresentarli Conoscenza di banche dati: Mint, Signor, CancerGeneNet Conoscenza di software per analisi di dati: Perseus, David, Cytoscape, Cell Designer Introdurre i principi chimico-fisici termodinamici e cinetici che regolano le interazioni intermolecolari, le proprietà strutturali di biopolimeri, il folding di peptidi e proteine, i processi di associazione, con particolare attenzione ai fenomeni cooperativi
CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE: rafforzamento delle capacita' acquisite durante il corso triennale e capacità di affrontare problemi biologici complessi con le nuove tecnologie.
AUTONOMIA DI GIUDIZIO: acquisire capacità di integrare le conoscenze e gestire la complessità, nonché di formulare giudizi sulla base di informazioni limitate o incomplete, includendo la riflessione sulle responsabilità sociali e etiche collegate all’applicazione delle loro conoscenze e dei loro giudizi
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M-6364 -
BIOLOGIA DEI SISTEMI
(obiettivi)
OBIETTIVI FORMATIVI: Conoscenza di approcci sistemici e riduzionisti Conoscenza di esperimenti high-throughput Conoscenza di strumenti per analizzare dati di esperimenti high-throughput e come rappresentarli Conoscenza di banche dati: Mint, Signor, CancerGeneNet Conoscenza di software per analisi di dati: Perseus, David, Cytoscape, Cell Designer Introdurre i principi chimico-fisici termodinamici e cinetici che regolano le interazioni intermolecolari, le proprietà strutturali di biopolimeri, il folding di peptidi e proteine, i processi di associazione, con particolare attenzione ai fenomeni cooperativi
CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE: rafforzamento delle capacita' acquisite durante il corso triennale e capacità di affrontare problemi biologici complessi con le nuove tecnologie.
AUTONOMIA DI GIUDIZIO: acquisire capacità di integrare le conoscenze e gestire la complessità, nonché di formulare giudizi sulla base di informazioni limitate o incomplete, includendo la riflessione sulle responsabilità sociali e etiche collegate all’applicazione delle loro conoscenze e dei loro giudizi
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BIO/18
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Attività formative affini ed integrative
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ITA |
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M-6365 -
CHIMICA FISICA
(obiettivi)
OBIETTIVI FORMATIVI: Conoscenza di approcci sistemici e riduzionisti Conoscenza di esperimenti high-throughput Conoscenza di strumenti per analizzare dati di esperimenti high-throughput e come rappresentarli Conoscenza di banche dati: Mint, Signor, CancerGeneNet Conoscenza di software per analisi di dati: Perseus, David, Cytoscape, Cell Designer Introdurre i principi chimico-fisici termodinamici e cinetici che regolano le interazioni intermolecolari, le proprietà strutturali di biopolimeri, il folding di peptidi e proteine, i processi di associazione, con particolare attenzione ai fenomeni cooperativi
CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE: rafforzamento delle capacita' acquisite durante il corso triennale e capacità di affrontare problemi biologici complessi con le nuove tecnologie.
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VENANZI MARIANO
( programma)
- Tecnologie high throughput - Analisi statistica di dati high throughput (Gene set enrichment analysis, Perseus) - Banche dati di interazioni tra proteine - Tecniche di curazione di dati di letteratura - Networks e metodi per visualizzare I dati in un network (Cytoscape) - Approcci di modelling e simulazione di network dinamici (Cell Designer) - Interazioni intermolecolari e curve di energia potenziale. Interazioni repulsive: modello a sfere rigide. Interazioni attrattive: interazioni elettrostatiche (ioni, dipoli, dipoli indotti). Interazioni di van der Waals. Struttura di biopolimeri: conformazioni. Distribuzione di Boltzmann, Approssimazione degli isomeri rotazionali. Grafici di Ramachandran. - Strutture secondarie di proteine. Transizioni elica-coil: Modello di Zimm-Bragg. Effetto idrofobico. Denaturazione di proteine. Termodinamica dei processi di denaturazione. Modelli di folding: il molten globule. Processi di associazione. Associazione non cooperativa: Modello di Langmuir. Fenomeni cooperativi. Modello di Hill e modello Monod-Wyman-Changeux.. Fattore allosterico. Cinetiche di saturazione: modello di Michaelis-Menten.
 ppt delle lezioni e articoli scientifici suggeriti durante il corso.
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CHIM/02
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Attività formative affini ed integrative
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ITA |
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8066862 -
METODI INFORMATICI PER LA BIOLOGIA E INGLESE AVANZATO
(obiettivi)
OBIETTIVI FORMATIVI: Il corso ha l’'obiettivo di fornire un quadro completo delle conoscenze circa la computazione elettronica, i principali sistemi operativi, il trattamento dei dati relativi a immagini e suoni, l'utilizzo dei principali software per la geostatistica e la sintassi di base dell'ambiente R. Finalità del corso sono anche la revisione dei principi dell'Algebra di Boole e l'utilizzo di algoritmi, diagrammi di flusso. Inoltre, gli obiettivi del corso comprendono lo sviluppo della capacità di comunicare fluentemente, almeno nell'ambito delle specifiche competenze, in lingua inglese, oltre che in italiano.
CONOSCENZA E CAPACITÀ DI COMPRENSIONE: L'insegnamento punta a fornire agli studenti le conoscenze e stimolare lo sviluppo di capacità atte a utilizzare in modo autonomo diversi software e linguaggi di programmazione per l'analisi dei dati e la preparazione di report scientifici. Tali capacità devono costituire il prerequisito per espandere in modo autonomo (self-learning) le capacità di usare software come l'ambiente R.
CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE: E' atteso che gli studenti acquisiscano le conoscenze per svolgere in maniera autonoma semplici analisi dei dati, dall'impostazione dei passaggi logico/matematici alla loro implementazione nel codice, fino all'analisi e commento dei risultati ottenuti.
AUTONOMIA DI GIUDIZIO: E' atteso che gli studenti sappiano valutare e scegliere in modo autonomo gli strumenti e i procedimenti più appropriati per condurre analisi di dati e manipolazione di informazioni di vario tipo (da dati biometrici a dati satellitari).
ABILITÀ COMUNICATIVE: E' atteso che gli studenti sviluppino le competenze necessarie per la preparazione di grafici e, in generale, elaborazioni dei risultati adeguati per essere utilizzati nella reportistica e nelle pubblicazioni scientifiche, insieme alla capacità di concepire e presentare un procedimento informatico per l'elaborazione di dati. Inoltre, è atteso che gli studenti acquisiscano la capacità di saper comunicare efficacemente in lingua inglese.
CAPACITÀ DI APPRENDIMENTO: E' atteso che gli studenti sviluppino la capacità di espandere in maniera autonoma le loro conoscenze a proposito di strumenti informatici per l'analisi dei dati (es. pacchetti aggiuntivi dell'ambiente R), reperendo online le informazioni necessarie e sviluppando la capacità di attingere a testi avanzati in lingua italiana ed inglese.
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M-4821 -
INGLESE AVANZATO
(obiettivi)
OBIETTIVI FORMATIVI: Capacità di sviluppare le quattro abilità a livello C1 del QCER.
CONOSCENZA E CAPACITÀ DI COMPRENSIONE: Conoscenza e comprensione sia teorica sia applicata dell’'inglese in contesti d’'uso quotidiano, accademici e specialistici.
CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE: capacità di riconoscere e descrivere aspetti della lingua inglese in contesti d'uso quotidiano, accademici e specialistici.
AUTONOMIA DI GIUDIZIO: essere in grado di applicare le conoscenze acquisite in contesti d’'uso quotidiano e specialistico.
ABILITÀ COMUNICATIVE: capacità di interagire con una buona proprietà di linguaggio, mettendo in atto strategie comunicative a livello C1 del QCER.
CAPACITÀ DI APPRENDIMENTO: saper utilizzare il materiale bibliografico consigliato e organizzare autonomamente e in collaborazione una ricerca, anche con l’ aiuto di fonti elettroniche, per approfondire gli argomenti in programma.
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L-LIN/12
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Attività formative affini ed integrative
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ENG |
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M-4820 -
METODI INFORMATICI PER LA BIOLOGIA
(obiettivi)
OBIETTIVI FORMATIVI: Il corso ha l’'obiettivo di fornire un quadro completo delle conoscenze circa la computazione elettronica, i principali sistemi operativi, il trattamento dei dati relativi a immagini e suoni, l'utilizzo dei principali software per la geostatistica e la sintassi di base dell'ambiente R. Finalità del corso sono anche la revisione dei principi dell'Algebra di Boole e l'utilizzo di algoritmi, diagrammi di flusso. Inoltre, gli obiettivi del corso comprendono lo sviluppo della capacità di comunicare fluentemente, almeno nell'ambito delle specifiche competenze, in lingua inglese, oltre che in italiano.
CONOSCENZA E CAPACITÀ DI COMPRENSIONE: L'insegnamento punta a fornire agli studenti le conoscenze e stimolare lo sviluppo di capacità atte a utilizzare in modo autonomo diversi software e linguaggi di programmazione per l'analisi dei dati e la preparazione di report scientifici. Tali capacità devono costituire il prerequisito per espandere in modo autonomo (self-learning) le capacità di usare software come l'ambiente R.
CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE: E' atteso che gli studenti acquisiscano le conoscenze per svolgere in maniera autonoma semplici analisi dei dati, dall'impostazione dei passaggi logico/matematici alla loro implementazione nel codice, fino all'analisi e commento dei risultati ottenuti.
AUTONOMIA DI GIUDIZIO: E' atteso che gli studenti sappiano valutare e scegliere in modo autonomo gli strumenti e i procedimenti più appropriati per condurre analisi di dati e manipolazione di informazioni di vario tipo (da dati biometrici a dati satellitari).
ABILITÀ COMUNICATIVE: E' atteso che gli studenti sviluppino le competenze necessarie per la preparazione di grafici e, in generale, elaborazioni dei risultati adeguati per essere utilizzati nella reportistica e nelle pubblicazioni scientifiche, insieme alla capacità di concepire e presentare un procedimento informatico per l'elaborazione di dati. Inoltre, è atteso che gli studenti acquisiscano la capacità di saper comunicare efficacemente in lingua inglese.
CAPACITÀ DI APPRENDIMENTO: E' atteso che gli studenti sviluppino la capacità di espandere in maniera autonoma le loro conoscenze a proposito di strumenti informatici per l'analisi dei dati (es. pacchetti aggiuntivi dell'ambiente R), reperendo online le informazioni necessarie e sviluppando la capacità di attingere a testi avanzati in lingua italiana ed inglese.
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INF/01
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Attività formative affini ed integrative
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